Cuando la ciencia se enfrentó a un virus nuevo: el CIBIR de Logroño fue uno de los centros que analizó más coronavirus
Hace cinco años llegaba a España un virus nuevo que terminó causando miles de muertos y confinando al país entero. Aquella fue la primera medida: cerrar toda la actividad no esencial y no salir de casa para limitar al máximo nuestros contactos y frenar así la transmisión. Cerró casi todo, incluso los laboratorios de investigación. Los trabajadores del Centro de Investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR) se fueron a casa. Por poco tiempo.
“Me llamaron de FISABIO, en Valencia, porque estaban creando un proyecto para monitorizar los cambios genómicos del virus, lo que hacemos habitualmente en infección de brotes, que es epidemiología genética”, recuerda María de Toro, la responsable de la plataforma de Genómica y Bioinformática del CIBIR. En este proyecto de Valencia buscaban al menos un hospital de cada comunidad autónoma que les pudiera proporcionar muestras del virus para ver esos cambios genómicos del virus a lo largo del tiempo, cómo iba mutando.
"En el CIBIR ya teníamos todo el equipamiento necesario para analizar el genoma del coronavirus cuando empezó la pandemia"
“En el CIBIR ya teníamos todo el equipamiento necesario así que nos ofrecimos a participar en el proyecto como nodo de secuenciación”, explica De Toro, puntualizando que los recursos bioinformáticos que se precisaban eran equipos caros y concretos que no todos los hospitales tenían. En el hostil abril de 2020, el centro de investigación de Logroño ya estaba recibiendo muestras y analizando genomas.
El cuarto centro que más muestras de coronavirus secuenció el primer año de pandemia
Así, especialmente en el primer año de pandemia - “que fue quizás el más caótico”, apunta la investigadora- Logroño se convirtió en una referencia en este campo. Se llegaron a analizar casi 2000 muestras y fue el cuarto centro que más coronavirus secuenció, por delante de muchos hospitales de renombre y de ciudades más grandes. De hecho, además de las muestras de La Rioja se ayudó con el análisis bioinformático a otras comunidades autónomas, ya que hay -y más en aquel momento- una carencia de estos profesionales y no se podrían desplazar para aprender, como algunos pedían al CIBIR.
El valor del CIBIR fue fundamental, especialmente, en aquellos primeros compases de la pandemia cuando “los hospitales no tenían tiempo” de investigar, según recuerda María de Toro, ya que lo prioritario era el diagnóstico y de hecho, incluso eso era inasumible: “En los primeros la necesidad de pruebas sobrepasaba a la capacidad de un hospital como este”. La colaboración estrecha entre el Servicio de Microbiología del Hospital San Pedro permitió al CIBIR recibir todas las muestras de positivos, de las que determinaban el genoma y la variante.
Además, la clave para descifrar el coronavirus fue que este centro de investigación riojano ya estaba preparado y el trabajo no era nuevo: “Habíamos trabajado con otros virus, con bacterias y diferentes tipos de patógenos y realmente era hacer lo mismo con un virus que era nuevo, aunque ya sabíamos cuál era su genoma de referencia porque ya en China se había determinado”. Después de leer lo que estaban haciendo en Estados Unidos e Inglaterra, se estandarizaron protocolos y empezó el trabajo de laboratorio. En La Rioja, se realizaba en análisis genómico del 10% de los positivos, primero escogidos al azar y después, con dos tipos de vigilancia, lo que llaman centinela y no centinela, que significa escoger una muestra aleatoria y otra más focalizada en caos más graves.
Pero, ¿para qué servían estos análisis de muestras? María de Toro explica que lo primero fue analizar con los datos que tenía como había entrado el virus en España. “Era importante porque necesitábamos saber cómo de rápido se transmitía, cómo de rápido mutaba, cómo cambiaba su genoma para que el Ministerio pudiese tomar medidas preventivas”. La velocidad de mutación y, sobre todo, dónde mutaba, era relevante para saber si la PCR seguía sirviendo para el diagnóstico y también de cara al diseño de la vacuna: “Si se diseñaba con la espícula del virus y el virus muta su espícula, la vacuna ya no era efectiva”. De hecho, así ocurrió y las nuevas variantes fueron escapando del efecto de la vacuna y mejorando su capacidad de transmisión.
A través, de estos análisis de muestras también se comprobaba la aparición de variantes. “La Rioja no era de las comunidades donde antes aparecían”, apunta María de Toro, que recuerda la presión cuando las variantes ya estaban en comunidades cercanas. Sin embargo, sí tiene sentido: “En un sistema de confinamiento, La Rioja al ser tan pequeña no tiene una movilidad tan alta como pueden tener Madrid o Barcelona y, por tanto, la transmisión es menor”.
"Ahora nos sentimos orgullosos de haber podido aportar lo que sabíamos, porque en otras comunidades no estaba siendo tan fácil"
Esta científica piensa en el caos inicial y recuerda que la primera mascarilla que le dieron para trabajar en un laboratorio biomédico era de tela. “Ahora lo piensas y dices: qué aberración; pero no había nada más”. Todavía se despierta alguna noche sobresaltada pensando en qué ha olvidado mandar los datos al Ministerio y recuerda que “esto fue una tarea más que se agregó a una rutina diaria que ya estaba muy cargado”. Pese a todo, “no daba mucho tiempo a pensar en lo que ocurría, es tu trabajo y lo tienes que hacer. Ahora no sentimos orgullosos de haber podido aportar lo que sabíamos, porque en otras comunidades no estaba siendo tan fácil”, subraya María de Toro.
El de su grupo no fue el único que se volcó con la pandemia de covid. El de Infecciosas que dirigía José Antonio Oteo se dedicó a analizar artrópodos vectores y monitorizó el virus en animales de compañía. José Ramón Blanco lideró un grupo que sigue trabajando en estudiar el covid persistente y otros grupos trabajaron mano a mano con la Universidad de La Rioja para crear pantallas protectoras. Todo un engranaje científico que quiso aportar su trabajo para hacer frente al coronavirus.
Cinco años después, el trabajo no ha cesado. Después del primer proyecto de secuenciación genómica del virus que se lideró desde Valencia, el Instituto Carlos III dependiente del Ministerio de Sanidad se hizo cargo y se puso a disposición una plataforma online para analizar este tipo de datos que agiliza el trabajo. Porque, “aunque no se sigue el mismo ritmo, sí se siguen aportando genomas”. A día de hoy, en el CIBIR monitorizan gripe, coronavirus y virus sincitial respiratorio, con un objetivo claro: “Nuestro mayor foco es tener un sistema preparado por si esto vuelve a ocurrir”.
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